По геологическому строению Сейшельские острова делятся на гранитные и коралловые.

К 42 островам гранитной группы, общей площадью около 243,7 км², относятся острова Маэ (142 км², высшая точка всего архипелага — 905 м), Праслен (45 км²), Ла Диг, Силуэт и др. Все острова гранитной группы удалены от Маэ не более чем на 50-70 км. Большинство населённых пунктов и основная хозяйственная деятельность на архипелаге сосредоточены на побережьях этих островов.

Во внутренних районах гранитных островов сохранились леса, в которых преобладают редкие виды пальм, панданусы, древовидные папоротники. На прибрежных низменностях естественная флора давно сменилась кокосовой пальмой и другими культурными насаждениями.

Коралловые острова — это плоские атоллы, общей площадью около 211,3 км², возвышающиеся над уровнем океана всего лишь на 4-8 м. Слагающие их известняки практически не удерживают влаги, приносимой муссонами, поэтому на атоллах часты засухи. В условиях экваториального климата (26-28 °C весь год) на маломощных известняковых почвах растёт лишь кокосовая пальма.

Из-за длительной островной изоляции в растительном и животном мире Сейшел очень высок процент эндемиков — птиц, пресмыкающихся и растений, встречающихся только на этом архипелаге.
Сейшельская пальма произрастает только на Сейшелах, её плод весит 20 кг и считается самым крупным в растительном мире. Местные жители верят, что именно он был запретным плодом для Адама и Евы. Есть живописный парк «Валле де Мэ», где произрастает роща сейшельских пальм.

На Сейшельских островах встречаются гигантские альдабрские черепахи (Megalochelys gigantea). Некоторые из них являются долгожителями (150 лет) и весят более 250 кг.

Пальмовый остров (Праслен) — второй по величине в Сейшельском архипелаге. Здесь обитают редкие виды птиц — Сейшельский малый черный попугай-ваза (Coracopsis nigra barklyi) и соловей бульбуль. Знаменит остров Птиц. Ежегодно сюда прилетают гнездиться множество перелётных птиц.